PERN logo

PERN - Pan-European Rhizosphere Network

European - Russian initiative on Banking Rhizosphere Micro-Organisms


ugent

Universiteit Gent - Laboratory of Microbiology (UGent)

УНИВЕРСИТЕТ ГЕНТА - ЛАБОРАТОРИЯ МИКРОБИОЛОГИИ (UGENT)

The Laboratory of Microbiology (LM-UGent) is part of the Department of Biochemistry and Microbiology of the Faculty of Science at Ghent University. The laboratory (http://lmg.ugent.be)  has a solid reputation in the study of bacterial diversity, classification and identification using mostly molecular techniques such as multi-locus sequence analysis, AFLP analysis, DGGE analysis, real-time PCR, MALDI-TOF massaspectrometry and fatty acid analysis by gas chromatography. 
As a partner in the Straininfo initiative (http://www.straininfo.net/), the laboratory is also involved in biological data-management.
LM-UGent hosts the BCCM/LMG bacteria collection (http://bccm.belspo.be/about-us/bccm-lmg)  that operates as an ISO 9001:2008 certified biological resource centre with facilities for the preservation and distribution of bacterial cultures. The BCCM/LMG bacteria collection comprises more than 24.000 public strains from over 500 genera and 3400 species related to the research performed at UGent with a large coverage of plant-associated and rhizosphere bacteria.

LM-UGent has been involved in several European projects in the past. Currently it is a participant in the FP7 projects VALORAM (Valorizing Andean microbial diversity through sustainable intensification of potato-based farming systems) and QBOL (Quarantaine Barcoding of Life - Development of a new diagnostic tool using DNA barcoding to identify quarantine organisms in support of plant health). LM-UGent was the coordinator of an FP5 project BACDIVERS (Developing a genomic toolbox for exploring and exploiting bacterial diversity, 2003-2005).

The team working on the project

Prof. Anne Willems is professor of microbiology at UGent since 2005 and has more than 20 years or experience in bacterial diversity studies and published more than 130 peer-reviewed papers. Current research interests include bacterial phylogeny, diversity and ecology in general and particularly of rhizobia, Antarctic micro-organisms, endosymbiotic plant-associated bacteria and benthic marine bacteria. She was a senior scientist and assistant coordinator in the BACDIVERS project listed above. She is the responsible of UGent (partner 3) in BRIO and is responsible for WP2 on Bioferilizers.
Prof. Paul De Vos is head of the Department of Biochemistry and Microbiology and professor of microbiology at UGent. In his capacity of director of the BCCM/LMG bacteria collection, he will provide will provide management advice.
Ir. Claudine Vereecke is curator of the public bacterial collection at BCCM/LMG where she is responsible for strain acquisition, accessioning and distribution, stock management and the strain catalogue. She will provide advice on management of strains and strain-related data.    
Mrs. Liesbeth Lebbe is a senior technician with extensive experience in molecular characterization and identification of bacteria. She will provide technical assistance as needed, e.g. in the context of possible training of other participants.
Mrs. Pia Clercx is a laboratory technician currently working on BRIO. She is responsible for documenting the rhizosphere strains that were selected for BRIO with information that will be made available through the BRIO dataportal. In consultation with Claudine Vereecke, she is also responsible for the verification and deposit of further plant-associated bacteria (mainly rhizobia from Belgium and from partners) in the BCCM/LMG collection and in the BRIO catalogue.

Contact

Anne.Willems@UGent.be
Lab. of Microbiology, WE10, Ghent University,
K. L. Ledeganckstraat 35, B-9000 Gent, Belgium

 

 

Лаборатория микробиологии (LM-UGent) является частью кафедры биохимии и микробиологии факультета естественных наук в Университете Гента. Лаборатория (http://lmg.ugent.be) имеет солидную репутацию в изучении бактериального разнообразия, классификации и идентификации с использованием в основном молекулярных методов, таких как мультилокусный анализ последовательностей, анализ AFLP, анализ DGGE, ПЦР в реальном времени, MALDI-TOF масс-спектрометрия и анализ жирных кислот с помощью газовой хроматографии.
В качестве партнера в инициативе Straininfo (http://bccm.belspo.be/about-us/bccm-lmg), лаборатория также участвует в организации биологических данных.
LM-UGent поддерживает коллекцию бактерий BCCM/LMG (http://bccm.belspo.be/about/lmg.php), которая работает в качестве Биологического Ресурсного Центра, сертифицированного по ISO 9001:2008 с возможностью хранения и распространения бактериальных культур. Коллекция бактерий BCCM/LMG включает более 24 000 общедоступных штаммов более чем 500 родов и 3400 видов, связанных с исследованиями, выполняемых в UGent с широким охватом связанных с растениями и ризосферных бактерий.
LM-UGent в прошлом участвовала в ряде европейских проектов. В настоящее время она является участником проектов FP7 VALORAM (Возобновление микробного разнообразия Анд через устойчивую интенсификацию систем ведения сельского хозяйства на основе картофеля) и QBOL (Quarantaine Barcoding of Life - Разработка нового диагностического инструмента с использованием штрих-кодирования ДНК для идентификации карантинных организмов для поддержания здоровья растений). LM-UGent была координатором проекта FP5 BACDIVERS (Разработка геномных инструментов для исследования и использования бактериального разнообразия, 2003-2005).

 

КОМАНДА, РАБОТАЮЩАЯ НАД ПРОЕКТОМ

Профессор Анна Виллемс является профессором микробиологии в UGent с 2005 года и имеет более 20 лет опыта работы в исследовании бактериального разнообразия, опубликовала более 130 рецензируемых работ. Научные интересы включают бактериальную филогению, разнообразие и экологию в целом и в частности ризобии, антарктические микроорганизмы, эндосимбиотические бактерии, связанные с растениями, и донные морские бактерии. Она была старшим научным сотрудником и помощником координатора в проекте BACDIVERS, указанном выше. Она является представителем UGent (партнера 3) в BRIO и отвечает за WP2 Bioferilizers.
Профессор Пол Де Вос заведующий кафедрой биохимии и микробиологии и профессор микробиологии в UGent. В качестве директора коллекции бактерий BCCM/LMG, он обеспечивает рекомендации по управлению.
Клодин Верееке является куратором общедоступной бактериальной коллекции в BCCM/LMG, где она отвечает за приобретение штаммов, доступ и распределение, управление фондами и каталог штаммов. Она будет предоставлять консультации по менеджменту штаммов и связанными с ними данными.
Г-жа Лисбет Леббе является старшим лаборантом с большим опытом работы в области молекулярной характеристики и идентификации бактерий. Она будет предоставлять техническую помощь в случае необходимости, например, в контексте возможной подготовки других участников.
Г-жа Пиа Клеркс является лаборантом, работающим в настоящее время над BRIO. Она несет ответственность за документирование ризосферных штаммов, которые были выбраны для BRIO с информацией, которая будет предоставляться через портал данных BRIO. После консультаций с Клодин Верееке, она также отвечает за проверку и размещение новых штаммов бактерий, связанных с растениями (в основном ризобий из Бельгии и от партнеров) в коллекцию BCCM/LMG и в каталог BRIO.

 

КОНТАКТ

Anne.Willems@UGent.be
Лаборатория микробиологии, WE10, Гнтский Университет
K. Л.Ледеганкстраат 35, B-9000 Гент, Бельгия

References

Lindström K., M. Murwira, A. Willems, N. Altier. 2010. The biodiversity and biotechnology of beneficial microbe-host mutualism: The case of rhizobia. Res. Microbiol., 161:453-463. http://dx.doi.org/10.1016/j.resmic.2010.05.005

De Meyer S.E., B. Vekeman, T. Braeckman, K. Van Hoorde and A. Willems. 2011. Genetic diversity of rhizobia associated with indigenous legumes in different regions of Flanders (Belgium). Soil Biol. Bioch. 43:2384-2396. http://dx.doi.org/10.1016/j.soilbio.2011.08.005

Maynaud G., A. Willems, S. Soussou, C. Vidal, L. Mauré, L. Moulin, J.-C. Cleyet-Marel and B. Brunel. 2012. Molecular and phenotypic characterization of strains nodulating Anthyllis vulneraria in mine tailings, and proposal of Aminobacter anthyllidis sp. nov., the first definition of Aminobacter as legume-nodulating bacteria. Syst. Appl. Microbiol., 35:65-72.
http://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2011.11.002

Puławska J., A. Willems, P. Sobiczewski. 2012. Rhizobium skierniewicense sp. nov. isolated from tumours on chrysanthemum and cherry plum. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 62:895-899.  http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.032532-0

De Meyer S. E., A. Coorevits and A. Willems. 2012. Tardiphaga robiniae gen. nov., sp. nov., a new genus in the family Bradyrhizobiaceae isolated from Robinia pseudoacacia in Flanders (Belgium). Syst. Appl. Microbiol. 35:205-214. http://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2012.02.002

Puławska J., A. Willems, S. E. De Meyer, S. Süle. 2012. Rhizobium nepotum sp. nov. isolated from tumors on different plant species. Syst. Appl. Microbiol. 35:215-220. http://dx.doi.org/10.1016/j.syapm.2012.03.001

Stajković-Srbinovći O., S. De Meyer, B. Miličić, D. Delić and A. Willems. 2012. Genetic diversity of rhizobia associated with alfalfa in Serbian soils. Biology and Fertility of Soils 48:531-545. http://dx.doi.org/10.1007/s00374-011-0646-1

De Meyer S.E. and A. Willems. 2012. Multilocus sequence analysis of Bosea species and the description of Bosea lupini sp. nov., Bosea lathyri sp. nov., and Bosea robiniae sp. nov. isolated from legumes in Flanders (Belgium). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 62:2505-2510. http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.035477-0

Ardley J.K., M.A. Parker, S. E. De Meyer, G.W. O’Hara, W.G. Reeve, R.J. Yates, M.J. Dilworth, A. Willems and J.G. Howieson. 2012. Microvirga lupini sp. nov., Microvirga lotononidis sp. nov., and Microvirga zambiensis sp. nov. are alphaproteobacterial root-nodule bacteria that specifically nodulate and fix nitrogen with geographically and taxonomically separate legume hosts. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 62:2579-2588. http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.035097-0

Degefu T., E. Wolde-meskel, B. Liu, I. Cleenwerck, A. Willems, Å. Frostegård. 2013. Mesorhizobium shonense sp. nov., Mesorhizobium hawassense sp. nov. and Mesorhizobium abyssinicae sp. nov. isolated from root nodules of different agroforestry legume trees. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63:1746-1753. http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.044032-0

Reeve W., R. Tian, L. Bräu, L. Goodwin, C. Munk, C. Detter, R. Tapia, C. Han, K. Liolios, M. Huntemann, A. Pati, T. Woyke, K. Mavromatis, V. Markowitz, N. Ivanova, N. Kyrpides and A. Willems. 2013. Genome sequence of Ensifer arboris strain LMG 14919T; a microsymbiont of the legume Prosopis chilensis growing in Kosti, Sudan. Standards in Genomic Sciences 9:473-483. http://dx.doi.org/10.4056/sigs.4828625

Willems A., R. Tian, L. Bräu, L. Goodwin, J. Han, K. Liolios, M. Huntemann, A. Pati, T. Woyke, K. Mavromatis, V. Markowitz, N. Ivanova, N. Kyrpides and W. Reeve. 2013. Genome sequence of Burkholderia mimosarum strain LMG 23256T; a Mimosa pigra microsymbiont from Anso, Taiwan. Standards in Genomic Sciences 9:484-494.  http://dx.doi.org/10.4056/sigs.4848627